(Виленской и Литовской епархии). Основан указом имп. Александра II Николаевича от 9 нояб. 1864 г. для укрепления Православия в Северо-Западном крае после подавления польск. восстания и народных волнений в 1860-1864 гг. В. м. разместился в зданиях упраздненного католич. мон-ря в честь Сердца Иисуса ордена визиток (визитанок) на ул. Росса (ныне ул. Росу). В 1865-1868 гг. были реконструированы монастырские корпуса, устроены теплая ц. в честь Покрова Пресв. Богородицы и холодная ц. во имя равноап. Марии Магдалины. В создании обители деятельное участие принимали Литовский митр. Иосиф (Семашко) и Московский митр. св. Филарет (Дроздов). 24 июля 1865 г. настоятельницей В. м. была назначена казначея московского во имя Алексия, человека Божия, мон-ря мон. Флавиана (Попова), возведенная 22 нояб. в сан игумении. Первыми насельницами обители стали сестры московского Алексиевского мон-ря. 4 февр. 1868 г. при В. м. открылся приют для сирот, затем иконописная мастерская, в к-рых преподавали сестры, в т. ч. игум. Флавиана. Насельницы мон-ря и воспитанницы приюта писали иконы, шили облачения для виленских храмов.
После ухода на покой по болезни игум. Веры в нач. 1918 г. сестры, избравшие своей начальницей мон. Нину (Баташёву), решили вернуться в Вильну. Патриарх Московский и всея России св. Тихон помог им получить пропуски для проезда в Литву, в мае 1918 г. ок. 20 виленских сестер прибыли в Вильну и начали восстанавливать обитель на ул. Росса. Указом Литовской консистории 6 мая 1918 г. мон. Нина (Баташёва) была назначена управляющей мон-рем, 8 сент. 1921 г. архиеп. Литовским Елевферием (Богоявленским) возведена в сан игумении. В 1919 г., когда Виленский край был оккупирован польск. войсками, решением властей инокини были выселены из В. м. и размещены в больничном корпусе Виленской ДС, к-рый располагался на территории расформированного во время первой мировой войны виленского во имя Св. Троицы муж. мон-ря. Монахиням был передан Троицкий храм, богослужения в к-ром совершались насельниками Свято-Духова (см. вильнюсский в честь Сошествия Св. Духа на апостолов) мон-ря. В 1924 г. В. м. вошел в состав неканонически провозглашенной Польской автокефальной православной Церкви. Игум. Нину неоднократно командировали на Волынь в Святогорский Зимненский и Корецкий мон-ри для проведения ревизий и для временного управления этими мон-рями. По благословению Варшавского митр. Дионисия (Валединского) насельница В. м. мон. Евгения (Баташёва) была назначена настоятельницей Зимненского мон-ря, а мон. Феофания (Павлюк-Задворная) - Корецкого мон-ря. В 1933 г. Варшавский митр. Дионисий наградил игум. Нину наперсным крестом с украшениями.
В 1937 г. в связи с закрытием Троицкого храма и семинарии В. м. переехал на ул. Лянку, к приходской ц. во имя св. кн. Александра Невского (построена в 1898). Инокини устроили кельи в крыльях отремонтированного храма, выкопали колодец, посадили фруктовый сад, разбили цветники. Летом 1939 г. по ходатайству игум. Нины в В. м. из Почаевской лавры были привезены икона св. Марии Магдалины с частицей мощей и образ прп. Иова Почаевского с частицей мощей. В 1944 г. в результате бомбежки Александро-Невский храм лишился купола, окон, полов и дверей, сгорел иконостас. В одном из уцелевших крыльев храма сестры (ок. 35 чел.) устроили временную церковь, к-рую 15 окт. 1945 г. освятил Виленский архиеп. Корнилий (Попов). 8 нояб. 1951 г. Виленский архиеп. Фотий (Топиро) освятил отремонтированную Александро-Невскую ц. В 1953-1955 гг. в В. м. был построен двухэтажный сестринский корпус, к 1959 г. к мон-рю были проведены водопровод и канализация, все помещения электрифицированы, территория обители огорожена кирпичной оградой с дубовыми св. вратами. Трудами сестер было благоустроено Евфросиниевское кладбище, в юж. части к-рого похоронены мн. насельницы и священнослужители обители. Патриарх Московский и всея Руси Алексий I передал в дар мон-рю вышитую бисером икону «Целование праведной Елисаветы», выполненную монахинями иерусалимского Горненского мон-ря.
Постановлением Совета министров Литовской ССР от 12 июля 1959 г. В. м. был снят с регистрации, денежные средства и движимое имущество обители подлежали конфискации. 23 авг. 1960 г. насельницы (23 монахини, 5 послушниц) были выселены из обители, Александро-Невский храм передан на баланс Министерства культуры Литовской ССР, в бывш. сестринском корпусе разместилась колония для трудновоспитуемых девочек. Несмотря на это, мон-рь продолжал существовать: игум. Нина с сестрами поселилась в двухэтажном корпусе вильнюсского Свято-Духова муж. мон-ря. В 1968 г. вместо ушедшей на покой и принявшей схиму с именем Варвара игум. Нины († 26 апр. 1969) В. м. возглавила ее племянница и многолетняя сподвижница игум. Ангелина (Баташёва). 15 мая 1989 г. постановлением Совета министров Литвы указ 1959 г. о ликвидации мон-ря был признан утратившим силу. С апр. 2002 г. В. м., размещающийся в корпусе на территории Свято-Духова мон-ря, возглавляет мон. Надежда (Ломако). К нач. 2004 г. в В. м. жили 13 насельниц: 9 монахинь и 4 послушницы. Сестры несли послушания в Свято-Духовском соборе, пли на клиросе, выпекали просфоры для храмов Виленской епархии, изготавляли свечи, ухаживали за могилами насельниц В. м. на вильнюсском правосл. Евфросиниевском кладбище.
5 мая 2015 г., решением Свящ. Синода Русской Православной Церкви В. м. был вновь открыт. 24 мая 2015 г. сёстры мон-ря переехали в помещения при восстановленном храме в честь св. князя Александра Невского, а мон. Серафима (Иванова) возведена в сан игуменьи.